Prvním mimořádným profesorem dějin hudby byl hudební historik, estetik a kritik August Wilhelm AMBROS (1816 Mýto u Rokycan – 1876 Vídeň), který přednášel v Praze v letech 1865-1869. Hudební estetik, kritik a publicista Otakar HOSTINSKÝ (1847 Martiněves – 1910 Praha) působil poté na pražské univerzitě jako soukromý docent v letech 1877-1882.
Po rozdělení Karlo-Ferdinandovy univerzity v Praze na dvě samostatné vysoké školy s německým a českým vyučovacím jazykem (28. 2. 1882) zůstala hudební věda na německé univerzitě, zatímco česká univerzita získala díky Otakaru Hostinskému (který byl jmenován řádným profesorem) katedru estetiky. Tento stav trval potom až do roku 1909.
K muzikologům, kteří působili jako řádní profesoři na pražské německé univerzitě, patřili Guido ADLER (1855 Ivančice na Moravě – 1941 Vídeň) v letech 1885-1898, Heinrich RIETSCH (1860 Falkenau/Sokolov nad Ohří – 1927 Praha) v letech 1898-1927 a Gustav BECKING (1894 Brémy/Bremen – 8. 5. 1945 Praha) v letech 1930-1945. Soukromým docentem byl v letech 1920-1939 Paul NETTL (1889 Vrchlabí – 1972 Bloomington, Indiana). Kromě toho zde v uvedeném období konali přednášky muzikologové a hudební kritici Richard BATKA (1868 Praha – 1922 Vídeň), Ernst RYCHNOVSKY (1879 Janovice nad Úhlavou – 1934 Praha), Erich STEINHARD (1886 Praha –č 1941(?); datum a místo úmrtí nejsou známy), Hans Heinz STUCKENSCHMIDT (1901 Strassburg – 1988 Berlín) ad.
Prvním mimořádným profesorem dějin hudby na české univerzitě se stal roku 1909
Zdeněk NEJEDLÝ (1878 Litomyšl – 1963 Praha). Jako řádný profesor zde potom působil v letech 1919-1938. Nejedlého žák a ideový oponent Josef HUTTER (1894 – 1959 Praha) zde byl v letech 1935-1939 mimořádným a v letech 1947-1948 krátce řádným profesorem; záhy po komunistickém převratu byl z univerzity propuštěn a řadu let vězněn. Přednáškami z dějin hudby a vedením katedry byli poté pověřeni Anna PATZAKOVÁ (1895 Plzeň – 1990 Heřmanův Městec) v letech 1948-1950, Mirko OČADLÍK (1904 Holešov – 1964 Praha) v letech 1951-1959, František MUŽÍK (1922 Duchcov – 1999 Praha) v letech 1959-1987 a Růžena MUŽÍKOVÁ (1926 Klatovy – 2011 Praha) v období 1987-1989. Po listopadu 1989 byl vedoucím katedry a poté ředitelem Ústavu hudební vědy FF UK zvolen Jaromír ČERNÝ (1939 Hradec Králové – 2012 Praha), který tuto funkci zastával do r. 2002. Na pražské muzikologické katedře dále dlouhodobě působili Petr EBEN (1929 Žamberk – 2007 Praha) v letech 1955-1990, Vladimír SOMMER (1921 Dolní Jiřetín – 1997 Praha) v letech 1965-1986 a Ivan VOJTĚCH (nar. 1928 Boskovice) v období 1961-1972 a 1990-1999.
Hudební estetiku na pražské univerzitě reprezentovali ve 20. století Otakar ZICH (1879 Městec Králové – 1934 Ouběnice u Benešova), který byl řádným profesorem v letech 1924-1934 a po 2. světové válce zejména Antonín SYCHRA (1918 Boskovice – 1969 Praha) a Miloš JŮZL (1928 Nová Olešná – 1996 Praha).